Filipe aterrizó en la ribera del Manzanares en el verano de 2010 tras un exitoso paso por el Deportivo de la Coruña en el que desde el carril izquierdo se convirtió en uno de los mejores jugadores de la Liga española. El zurdo disputó 111 partidos en la máxima categoría del fútbol español con la camiseta blanquiazul en una etapa en la que no todo fue fácil para él. El 23 de enero de 2010 sufriría una fractura de peroné y una luxación del tobillo derecho que le tuvo fuera de los terrenos de juego hasta mayo de ese mismo año.

El Atlético apostó por él y Filipe se ha convertido en uno de los jugadores más admirados por los aficionados gracias a su entrega, dedicación y buen hacer cada vez que viste la camiseta rojiblanca. Con un total de 123 partidos jugados con el Atlético en todas las competiciones, el brasileño se ha convertido en un fijo en la banda izquierda del Vicente Calderón.

Nada más aterrizar, Filipe conquistó junto a sus compañeros la Supercopa de Europa de 2010, a la que posteriormente uniría los títulos europeos de 2012. A pesar de llevar solamente un tanto con la camiseta rojiblanca, conseguido ante la Real Sociedad en la temporada 2010/2011, Filipe ha regalado pases deliciosos que sus compañeros han aprovechado para mandar a la red, lo que le convierte en uno de los mejores asistentes de la plantilla.

Los éxitos de Filipe son los éxitos del Atlético. Que cumpla muchos más.